修改模組就是由實際 class, procedure 到目標理想 class, procedure 的過程. 在動手修改模組之前必定先規劃好目標系統.
使用類似重構的開發方法，一次只做一點點的改動，
make (nmake) 的特性是只重編改動到的檔案，因此如果你一次只改動一兩個檔案， 並用上一個還行的 CPU (~1G), 就不用擔心重新編譯所需時間過長的問題.
每次作改動的時候將之清楚紀錄下來，這樣多作幾次下來的結果就會越來越熟悉，考慮的越來越完整，每步的幅度就越來越精準.
當 然，你對模擬工具組成架構越清楚，在模擬工具程式架構清楚的情況下，你的目標理想 class, procedure 可能就會越接近實際 class, procedure. 為了修改模組順暢，適當參考相關模擬程式提供的架構是必要的。不然會遇到規劃出來的目標架構無法從模擬程式順利修改的窘境.
OMNeT++ 比起 NS2 很大的優勢就在此， 感謝 Andras 開發的 IPv6SuiteWithINET 模組，讓我們可以用很接近實作的 Code 來模擬. 另一個例子是 S. Dulman 開發的 NesCT, 可以用此模組在 OMNeT++ 上跑 TinyOS 程式.